Выпускники: алгоритмическая биоинформатика

2015

Авдеев Павел Вадимович
(аспирант The George Washington University)
Тема диплома: «Разработка алгоритма реконструкции и линеаризации предковых геномов с учетом вставок и удалений геномов»
Бондарев Тимофей Сергеевич
(JetBrains Inc.)
Тема диплома: «Создание уникального репертуара малых молекул на основе образца»
Гайдай Игорь Олегович
(аспирант АУ)
Тема диплома: «Предсказание оксидирования метионина с использованием информации о третичной структуре белка»
Демидов Герман Михайлович
(CRG, Barcelona,Spain (PhD))
Тема диплома: «Статистический подход для детекции крупномасштабных вариаций числа копий в данных NGS, полученных с использованием мультиплексной ПЦР»
Лиознова Анна Валерьевна
(аспирантура Центр «Биоинженерия» РАН )
Тема диплома: «Улучшение качества геномных сборок: поиск структурных ошибок и заполнение разрывов в скаффолдах»
Малыгина Татьяна Сергеевна
Тема диплома: «Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan»
Мелешко Дмитрий Алексеевич
(аспирант АУ)
Тема диплома: «Определение копийности контигов с использованием информации о сборке»
Сидоров Святослав Игоревич
(Центр геномной биоинформатики им. Добржанского СПбГУ)
Тема диплома: «Соотнесение устойчивых сочетаний геномных и эпигенетических маркеров с границами топологически ассоциированных доменов хроматина»
Ситдыкова Надия Камильевна
Тема диплома: «Построение скаффолдов на основе анализа сборок нескольких родственных геномов»
Старостина Екатерина Вадимовна
Тема диплома: «Построение и оценка качества репертуара антител»
Яснев Олег Игоревич
(KNIME.com, Германия)
Тема диплома: «Адаптация алгоритма множественного выравнивания последовательностей библиотеки SeqAn для работы с глубокими выравниваниями»

2014

Колмогоров Михаил Алексеевич
(аспирант Калифорнийского университета в Сан-Диего (University of California, San Diego))
Лебедев Сергей Андреевич
(работает в JetBrains)
Яковлев Павел Андреевич
(аспирант СПбАУ РАН, работает в ЗАО «БИОКАД»)

2013

Диевский Алексей
(работает в BioLabs JetBrains)
Тема диплома: «Моделирование различий в данных ChIP-seq»
Князев Сергей
(НИУ ИТМО, лаборатория биоинформатики)
Тема диплома: «Разработка программного обеспечения для моделирования конформационной подвижности структур белков»
Минкин Илья
(университет Гонконга)
Тема диплома: «Сравнение геномов при помощи графов де Брюина»