Выпускники: алгоритмическая биоинформатика

2015

Авдеев Павел Вадимович
(аспирант The George Washington University)
Тема диплома: «Разработка алгоритма реконструкции и линеаризации предковых геномов с учетом вставок и удалений геномов»
Бондарев Тимофей Сергеевич
(работает в JetBrains)
Тема диплома: «Создание уникального репертуара малых молекул на основе образца»
Гайдай Игорь Олегович
(аспирант АУ)
Тема диплома: «Предсказание оксидирования метионина с использованием информации о третичной структуре белка»
Демидов Герман Михайлович
(CRG, Barcelona,Spain (PhD))
Тема диплома: «Статистический подход для детекции крупномасштабных вариаций числа копий в данных NGS, полученных с использованием мультиплексной ПЦР»
Лиознова Анна Валерьевна
(аспирантура Центр «Биоинженерия» РАН )
Тема диплома: «Улучшение качества геномных сборок: поиск структурных ошибок и заполнение разрывов в скаффолдах»
Малыгина Татьяна Сергеевна
Тема диплома: «Анализ поверхности взаимодействия белков и поиск наиболее значительных позиций методом in silico Ala-scan»
Мелешко Дмитрий Алексеевич
(работает в Центре алгоритмических биотехнологий, СПбГУ)
Тема диплома: «Определение копийности контигов с использованием информации о сборке»
Сидоров Святослав Игоревич
(Центр геномной биоинформатики им. Добржанского СПбГУ)
Тема диплома: «Соотнесение устойчивых сочетаний геномных и эпигенетических маркеров с границами топологически ассоциированных доменов хроматина»
Ситдыкова Надия Камильевна
Тема диплома: «Построение скаффолдов на основе анализа сборок нескольких родственных геномов»
Старостина Екатерина Вадимовна
(работает в Optiver, Нидерланды)
Тема диплома: «Построение и оценка качества репертуара антител»
Яснев Олег Игоревич
(работает в KNIME.com, Германия)
Тема диплома: «Адаптация алгоритма множественного выравнивания последовательностей библиотеки SeqAn для работы с глубокими выравниваниями»

2014

Колмогоров Михаил Алексеевич
(аспирант Калифорнийского университета в Сан-Диего (University of California, San Diego))
Лебедев Сергей Андреевич
(работает в Criteo, Paris Area, France)
Яковлев Павел Андреевич
(аспирант СПбАУ РАН, работает в ЗАО «БИОКАД»)

2013

Диевский Алексей
(работает в BioLabs JetBrains)
Тема диплома: «Моделирование различий в данных ChIP-seq»
Князев Сергей
(работает в лаборатории биоинформатики, Georgia State University)
Тема диплома: «Разработка программного обеспечения для моделирования конформационной подвижности структур белков»
Минкин Илья
(research assistant, Penn State University)
Тема диплома: «Сравнение геномов при помощи графов де Брюина»
Студенты (выпуск 2015):
  • Авдеев Павел Вадимович, выпускник бакалавриата Санкт-Петербургского Научно-исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2013 г.
  • Бондарев Тимофей Сергеевич, выпускник специалитета Санкт-Петербургского Научно-исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2013 г.
  • Гайдай Игорь Олегович, выпускник бакалавриата Уральского федерального университета, 2013 г.
  • Демидов Герман Михайлович, выпускник специалитета Московского государственного университета, 2013 г.
  • Лиознова Анна Валерьевна, выпускница бакалавриата Санкт-Петербургского государственного политехнического университета; института физики, нанотехнологий и телекоммуникаций, 2013 г.
  • Малыгина Татьяна Сергеевна, выпускница специалитета Северного (Арктического) Федерального Университета, 2010 г.
  • Мелешко Дмитрий Алексеевич, выпускник специалитета Дальневосточного государственного университета путей сообщения, 2012 г.
  • Сидоров Святослав Игоревич, выпускник специалитета Московского авиационного института, 2010 г.
  • Ситдыкова Надия Камильевна, выпускница бакалавриата Научно-исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2013 г.
  • Старостина Екатерина Вадимовна, выпускница бакалавриата Санкт-Петербургского Научно-исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2013 г.
  • Яснев Олег Игоревич, выпускник специалитета Московского государственного технического университета им. Н.Э. Баумана, 2012 г.
Студенты (выпуск 2014):
  • Колмогоров Михаил Алексеевич. Выпускник бакалавриата Санкт-Петербургского национального исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2012 г.
  • Лебедев Сергей Андреевич. Выпускник бакалавриата Санкт-Петербургского национального исследовательского университета информационных технологий, механики и оптики, 2012 г.
  • Яковлев Павел Андреевич. Выпускник бакалавриата Санкт-Петербургского государственного политехнического университета, 2012 г.
Выпуск 2013: Магистерские диссертации на базе лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ: