Академический университет - это первое и на сегодняшний день единственное высшее учебное заведение, входящее в систему Российской академии наук. До 2009 года университет, созданный в соответствии с постановлением Президиума РАН от 08.10.2002 г. № 290, назывался "Академический физико-технологический университет РАН" (АФТУ РАН). Распоряжением Правительства РФ от 14.03.2006 г. № 343-р ему был придан статус федерального государственного учреждения высшего профессионального образования, реализующего образовательные программы высшего и послевузовского профессионального образования. В 2008 году АФТУ РАН прошел государственную аккредитацию, по результатам которой ему был установлен государственный статус "высшее учебное заведение - университет" (свидетельство о государственной аккредитации №0723 от 22.11.2010).

В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 28.05.2009 Академический физико-технологический университет РАН был реорганизован путем присоединения к нему

Объединенная организация получила название "Учреждение Российской академии наук Санкт-Петербургский Академический университет - научно-образовательный центр нанотехнологий РАН". Инициатива создания всех трех указанных выше организаций, а также объединения их в одну организацию – Академический университет – принадлежала вице-президенту РАН, лауреату Нобелевской премии по физике 2000 года, академику Ж.И. Алфёрову, который и возглавляет его с момента создания по настоящее время.
26 апреля 2010 года Академическому университету на основе анализа современного состояния и динамики развития за последние 3 года, в том числе по таким критериям, как кадровый потенциал, инфраструктура образовательного процесса и научных исследований, эффективность образовательной и научно-инновационной деятельности, свидетельства международного и национального признания, присвоена категория "национальный исследовательский университет".

Ещё при создании Санкт-Петербургской Академии наук Петром I была высказана идея «триединой композиции» — Академии наук, Академического университета и Академической Гимназии. Спустя три века в Санкт-Петербурге удалось реализовать эту идею в Академическом университете, объединяющем научно-исследовательские лаборатории (Центр нанотехнологий), университетские кафедры (Центр высшего образования) и лицей «Физико-техническая школа»). Центр высшего образования Академического университета является в этой структуре, по сути, правопреемником Академического физико-технологического университета РАН и отвечает за подготовку и выпуск магистров и аспирантов в университете.

Академический университет расположен по адресу Санкт-Петербург, ул. Хлопина, д. 8, корп. 3. Здания Академического университета оборудованы всем необходимым для проведения учебных занятий и научных конференций различного масштаба на современном уровне. Университет располагает обширными холлами, актовым и театральным залами, а также гостиницей и общежитием. Для активного отдыха в распоряжении учащихся и сотрудников имеется спортивный комплекс, включающий плавательный бассейн, зал для игровых видов спорта, крытый теннисный корт и тренажерный зал. Студентам и аспирантам Академического университета предоставляется возможность пользоваться услугами Санкт-Петербургской клинической больницы РАН.

Более подробную информацию об Академическом университете можно найти на сайте spbau.ru.