Genome Query — различия между версиями
(Новая страница: « * Студент: Андрей Пржибельский * Руководитель: Николай Вяххи * Страничка проекта: http:…») |
|||
| Строка 10: | Строка 10: | ||
Приемущества разработанного алгоритма: | Приемущества разработанного алгоритма: | ||
| − | - Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив | + | - Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом |
| + | Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив | ||
- Превосходство по времени препроцессинга данных | - Превосходство по времени препроцессинга данных | ||
| − | - Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока (остальные алгоритмы параметров не имеют) | + | - Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока |
| − | - Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности. | + | (остальные алгоритмы параметров не имеют) |
| + | - Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть | ||
| + | около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная | ||
| + | структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от | ||
| + | суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не | ||
| + | в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности. | ||
Версия 11:50, 15 марта 2011
* Студент: Андрей Пржибельский * Руководитель: Николай Вяххи * Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query * Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.
Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них. Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.
Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.
Приемущества разработанного алгоритма:
- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив - Превосходство по времени препроцессинга данных - Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)
- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.
Возможные дальнейшие задачи:
- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов - Реализация алгоритмов определения - Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)
