SEWiki - Вклад участника [ru]

Участник:Andrewprzh

2011-09-21T20:36:46Z

Andrewprzh:

Пржибельский Андрей

http://bioinf.spbau.ru/members/andrey-prjibelski

Участник:Andrewprzh

2011-03-16T15:13:37Z

Andrewprzh: Новая страница: «Пржибельский Андрей andrewprzh@gmail.com»

Пржибельский Андрей

andrewprzh@gmail.com

Genome Query

2011-03-16T08:43:20Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

'''Описание''': Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

'''Проделанная работа''': За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

'''Приемущества разработанного алгоритма''':

- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив

- Превосходство по времени препроцессинга данных

- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)

- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

'''Возможные дальнейшие задачи''':

- Разработка алгоритмов неточного поиска с различными системами штрафов

- Разработка алгоритмов получения информации о данном участке генома (гены, повторы)

- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:54:47Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

'''Описание''': Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

'''Проделанная работа''': За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

'''Приемущества разработанного алгоритма''':

- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив

- Превосходство по времени препроцессинга данных

- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)

- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

'''Возможные дальнейшие задачи''':

- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов

- Реализация алгоритмов определения

- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:54:03Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.'''

Описание''': Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.
'''
Проделанная работа''': За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.
'''
Приемущества разработанного алгоритма''':

- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив

- Превосходство по времени препроцессинга данных

- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)

- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

'''Возможные дальнейшие задачи''':

- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов

- Реализация алгоритмов определения

- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:53:17Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

Приемущества разработанного алгоритма:

- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив

- Превосходство по времени препроцессинга данных

- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)

- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

Возможные дальнейшие задачи:

- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов

- Реализация алгоритмов определения

- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:52:44Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

Приемущества разработанного алгоритма:
- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом
Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив

- Превосходство по времени препроцессинга данных

- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)

- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

Возможные дальнейшие задачи:

- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов

- Реализация алгоритмов определения

- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:51:41Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

Приемущества разработанного алгоритма:
- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом
Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив
- Превосходство по времени препроцессинга данных
- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)
- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

Возможные дальнейшие задачи:
- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов
- Реализация алгоритмов определения
- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:50:49Z

Andrewprzh:

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

Приемущества разработанного алгоритма:
- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом
Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив
- Превосходство по времени препроцессинга данных
- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока
(остальные алгоритмы параметров не имеют)
- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть
около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная
структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от
суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не
в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

Возможные дальнейшие задачи:
- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов
- Реализация алгоритмов определения
- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Genome Query

2011-03-15T08:49:38Z

Andrewprzh: Новая страница: « * Студент: Андрей Пржибельский * Руководитель: Николай Вяххи * Страничка проекта: http:…»

* Студент: Андрей Пржибельский
* Руководитель: Николай Вяххи
* Страничка проекта: http://confluence.jetbrains.net/display/GQRY/Genome+Query
* Note: проект является командным, но в данной страничке описана в основном моя часть.

Описание: Основной задачей является создание веб-сервиса для поиска различных данных по геному человека. Основная функциональность включает поиск последовательностей нуклеотидов в геноме с различными опциями (поиск в хромосомах, генах, интронах/экзона, в заданных позициях), возможность просмотра различных генов и информации о них.
Моей частью в данном проекте является разработка и реализация быстрых алгоритмов поиска.

Проделанная работа: За осенний семестр был разработан и реализован алгоритм, использующий индексацию блоков нуклеотидов в геноме.

Приемущества разработанного алгоритма:
- Превосходство по времени поиска над реализованными в этом же проекте алгоритмом Кнута-Морриса-Пратта и алгоритмами, использующими суффиксное дерево и суффиксный массив
- Превосходство по времени препроцессинга данных
- Возможность поиска оптимального параметра -- размер индексируемого блока (остальные алгоритмы параметров не имеют)
- Предложенная структура индексов занимает примерно 34-36 бит на нуклеотид, то есть около 13Гб для всего генома человека. Поэтому, так же как и суффиксный массив, данная структура не загружается в оперативную память, а читается с диска. Но в отличии от суффиксного массива, чтение из данной структуры производится последовательно, а не в произвольном порядке, что может существенно сказаться на производительности.

Возможные дальнейшие задачи:
- Реализация неточного поиска с различными системами штрафов
- Реализация алгоритмов определения
- Реализация алгоритмов поиска по сжатым суффиксным массивам (CSA)

Темы практик

2011-03-15T07:51:56Z

Andrewprzh: /* Весна 2011 */

На этой странице собраны темы индивидуальных и командных проектов.

== Весна 2011 ==

* [[Genome assembler]] (Mariya Fomkina)

* [[Анализ изображений с целью поиска похожих лиц]] (Екатерина Полищук)

* [[The Shortest Path Problem]] (Алексей Гуревич)

* [[Shortest Path Service]] (Евгений Баталов)

* [[Genome Query]] (Андрей Пржибельский)

== Пул свободных тем ==

* [[GeoToDo list]]