Биоинформатика

Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике (магистратура)

При лаборатории алгоритмической биологии во главе с профессором Калифорнийского университета Павлом Певзнером открыта специализированная магистерская программа по биоинформатике.

Обучение включает в себя углублённые курсы по алгоритмам и структурам данных, применяемым для анализа больших массивов данных, которые получаются с помощью современных биотехнологических методов. Также в обучение входит программирование, дискретная математика, основы молекулярной биологии, статистика, машинное обучение и другие более специализированные предметы. С подробной программой обучения можно ознакомиться на соответствующей странице. Программа реализуется в сотрудничестве с Институтом биоинформатики.

В качестве научной работы студенты принимают участие в решении реальных задач биоинформатики. Это разработка алгоритмов и программных систем для сборки геномных последовательностей (de novo genome sequence assembly), а также теоретические и практические задачи в области вычислительной протеомики и масс-спектрометрии.

Программа рассчитана на выпуск высококачественных специалистов по алгоритмическим вопросам биоинформатики, востребованных как в науке, так и в индустрии.

Программа обучения.
Выпускники.
Информация о приёме.


Куратор магистерской программы — сотрудник лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН, Николай Вяххи.

Алгоритмы и анализ данных в биоинформатике (магистратура + аспирантура)

Также, в 2013-ом году открывается специальная 5-летняя программа в области биоинформатики, совмещающая обучение в магистратуре с интенсивной аспирантурой, по модели аспирантской программы по биоинформатике в Университете Калифорнии, Сан-Диего.

Образовательная программа будет осуществляться совместно Академическим университетом и Университетом Калифорнии, Сан-Диего. Все аспиранты будут проходить стажировку в Факультете Компьютерных Наук в Университете Калифорнии, Сан-Диего и выполнять совместные биоинформатические проекты с американскими аспирантами и профессорами.

Три аспиранта (Алексей Гуревич, Сергей Нурк, и Андрей Пржибельский) уже зачислены на программу, список их статей приводится ниже:
  • Anton Bankevich, Sergey Nurk, Dmitry Antipov, Alexey A. Gurevich, Mikhail Dvorkin, Alexander S. Kulikov, Valery M. Lesin, Sergey I. Nikolenko, Son Pham, Andrey D. Prjibelski, Alexey V. Pyshkin, Alexander V. Sirotkin, Nikolay Vyahhi, Glenn Tesler, Max A. Alekseyev, and Pavel A. Pevzner. SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing. Journal of Computational Biology 19(5) (2012), 455-477. doi:10.1089/cmb.2012.0021.
  • Andrey D. Prjibelski, Tatiana Krivosheyeva, Anton Bankevich, Sergey Nurk, Son Pham and Pavel A. Pevzner. Path-Extend: A New Approach for Repeat Resolution in Genome Assembly. Poster, WABI 2012.
  • Nikolay Vyahhi, Sergey Nurk, Anton Bankevich, Max Alekseyev and Pavel A. Pevzner. Expandable de novo genome assembler for short-read sequence data. Poster, ISMB/ECCB 2011.
  • Sergey Nurk, Anton Bankevich, Dmitry Antipov, Alexey Gurevich, Anton Korobeynikov, Alla Lapidus, Andrey Prjibelsky, Alexey Pyshkin, Alexander Sirotkin, Yakov Sirotkin, Ramunas Stepanauskas, Jeffrey McLean, Roger Lasken, Scott Clingenpeel, Tanja Woyke, Glenn Tesler, Max Alekseyev, and Pavel Pevzner. Assembling Genomes and Multigenomes from Highly Chimeric Reads. Lecture Notes in Computer Science 7821, 2013. (to appear)
  • Alexey Gurevich, Vladislav Saveliev, Nikolay Vyahhi, and Glenn Tesler. QUAST: Quality Assessment Tool for Genome Assemblies. Bioinformatics (to appear, 2013).